Gốc người Pháp nhập cư Ba Lan từ thế kỉ XVIII, Baudouin de Courtenay sinh ra ở Ba Lan, xem tiếng Ba Lan là tiếng mẹ đẻ, nhưng phần lớn cuộc đời ông lại làm việc ở nước Nga (44 năm). Học trung học ở Vacsava (Warsaw), Baudouin de Courtenay đã bắt đầu nghiên cứu các ngôn ngữ Slave, đồng thời hiểu và nắm vững tiếng Litva. Năm 1867 ông rời Ba Lan, học tập thêm ở Praha, Yena, Berlin, và vào Trường Đại học Tổng hợp, ông công bố công trình đầu tiên của mình: "Một số trường hợp loại suy trong biến cách tiếng Ba Lan", đi vào những nguyên tắc phát triển lịch sử và những sự biến đổi ngôn ngữ trên kết cấu hình thái học của từ.
Baudouin de Courtenay lần lượt giảng dạy ở 5 trường đại học tổng hợp: Petersburg (1868), Kadan (1875–1883), Đoocpat (nay là Yuarep) (1883–1893), Krakov (1894–1900), và lại trở về Trường Đại học Tổng hợp Petersburg (1900–1918). Khi nước Ba Lan độc lập, ông về ở hẳn Vacsava cho đến khi mất (năm 1929). Năm 1870, Baudouin bảo vệ luận án "Về ngôn ngữ Ba Lan cổ trước thế kỉ XIV" tại Petersburg. Sau đó ông bắt đầu giảng về ngữ pháp so sánh. Từ 1872–1875 ông ở Áo, và ở Italia, tại đây ông nghiên cứu các thổ ngữ ngôn ngữ Slôven. Năm 1875 Baudouin de Courtenay nhận học vị tiến sĩ, với công trình "Thử nghiệm ngữ âm học với các thổ ngữ Rezan". Vào năm 1897, ông được bầu làm viện sĩ thông tấn Viện Hàn lâm khoa học Petersburg. Yêu tự do, yêu những tư tưởng tiến bộ, và sẵn sàng đứng về phía những người bị áp bức, Baudouin de Courtenay bị 2 năm cấm cố vì cuốn "Đặc trưng dân tộc và lãnh thổ trong chế độ tự trị" (1913). Cuốn sách của ông bị xem là "lời kêu gọi bạo động".
Baudouin de Courtenay viết rất nhiều, khoảng 100 công trình khoa học, bằng nhiều thứ tiếng khác nhau và được đăng rải rác trên các báo chí, tập san, sách… nên khó thu thập được đầy đủ. Ông không có một công trình chung khái quát toàn bộ các quan điểm ngôn ngữ của chính mình, vì thế việc nghiên cứu về ông gặp nhiều khó khăn. Ở Kadan từ năm 1875, ông đã tập hợp quanh mình đông đảo những học trò – những nhà ngôn ngữ học nổi tiếng, như N.V. Krusheskij; V.A. Bogorodickij; S.K. Bulich; V.V. Radlov; A.I. Alecksandrov… và hình thành một trường phái ngôn ngữ học Nga ở Kadan. Tại Trường Đại học Tổng hợp Petersburg, nơi ông dạy từ năm 1900 đến năm 1918, ông cũng có những học trò kế tục xứng đáng, như L.V. Shcherba và những người khác.
Baudouin de Courtenay sớm quan tâm đến những quan hệ giữa ngôn ngữ với các nhân tố tâm lí và xã hội. Theo ông, ngôn ngữ trước hết là một sự kiện tâm lí, quá trình tiến hoá của ngôn ngữ do các nhân tố tâm lí quy định. Ông luôn luôn đưa dạng cá nhân của ngôn ngữ lên hàng đầu. "Cái mà người ta gọi là ngôn ngữ Nga chỉ là: một sự tưởng tượng đơn thuần. Không có một ngôn ngữ Nga nào, cũng như nói chung không có một ngôn ngữ bộ lạc hay dân tộc nào cả, chỉ có ngôn ngữ cá nhân với tư cách là những thực tế tâm lí, hay đúng hơn, những tư duy ngôn ngữ học mang tính cá nhân mà thôi". Vì vậy, ngôn ngữ cộng đồng chỉ là “một cấu tạo rút ra từ cả một loạt những ngôn ngữ cá nhân tồn tại trong thực tế”, hoặc “một trung bình ngẫu nhiên của những ngôn ngữ cá nhân” (Baudouin de Courtenay, Tuyển tập các tác phẩm về ngôn ngữ học đại cương, 2 tập, M., 1963–1964). Điều này cho thấy khái niệm về "ngôn ngữ" của ông hoàn toàn khác với Saussure.
Theo Trubetskoy thì sự phân định giữa đồng đại và lịch đại (do Baudouin de Courtenay đưa ra đầu tiên) được F. de Saussure và những nhà ngôn ngữ học trường phái Kadan thà nhận và kế tục. Song Saussure lại đối lập giữa đồng đại và lịch đại, và sau này làm thành một định luật cơ bản trong lí thuyết của mình. Điều này trái với quan niệm của Baudouin de Courtenay vốn cho rằng không nên có một sự ngăn cách nào giữa hai thứ ngôn ngữ học: “Tính tĩnh của ngôn ngữ chỉ là một trường hợp đặc biệt của tính động của nó”. Quan điểm này được nhiều nhà ngôn ngữ học đương thời như Whitney, Jesperson, Meillet… tán thành.
Baudouin de Courtenay là người phát hiện ra bản chất ngôn ngữ học của âm vị. Ngay từ bài viết "Sự biến đổi của SS (S,S’) thành ch trong tiếng Ba Lan" (1869), và sau này trong bài viết "Âm vị" (Fonemapheneme), ông chỉ rõ rằng, âm của ngôn ngữ thực hiện một chức năng khu biệt. Ông là người thực sự định hình được khái niệm âm vị. Ông còn đưa ra những thuật ngữ mới, chính xác, một nghĩa, cần thiết cho việc nghiên cứu ngôn ngữ học hiện nay: âm vị, hình vị, hình thái hoá, ngữ nghĩa hoá, ngữ đoạn, từ vị v.v…
Tuy nhiên, việc đề cao yếu tố tâm lí học trong mọi hiện tượng ngôn ngữ, do ảnh hưởng của trào lưu ngôn ngữ lúc bấy giờ, đã làm công trình nghiên cứu của ông mất đi nhiều ý nghĩa.
Trubetskoy, trong Nguyên lí âm vị học của mình đã xác định rõ những mặt mạnh của Baudouin de Courtenay, bậc thầy đối với ông, như phân biệt sự khác nhau giữa âm tố và âm vị, nhưng ông lại phê phán và bác bỏ cái định nghĩa âm vị mang quá nhiều tính chất tâm lí học.
Trong các công trình của mình, Baudouin de Courtenay kết hợp một cách nhuần nhuyễn tính triệt để của việc phân tích ngôn ngữ học với tính sâu sắc của việc khái quát hoá lí thuyết. Ông cũng là người khám phá lớn lao nhất trong lĩnh vực lịch sử các ngôn ngữ Slave. Ông cũng là một trong những nhà bác học đầu tiên cổ vũ sự tiếp cận ngôn ngữ học với các khoa học khác, như toán học, và đem vào ngôn ngữ học những phương pháp nghiên cứu chính xác. Ông có cái nhìn quán xuyến đối với toàn bộ sự phát triển ngôn ngữ học, mà chỉ khi ông mất người ta mới có thể từng bước lĩnh hội hết những giả định có tính cách dự báo của ông.
Ông còn hiệu đính và biên tập khoa học cuốn "Từ điển giải thích tiếng Nga vĩ đại" của V.Dan, cho lần tái bản thứ ba (1903–1909), và thứ tư (1912–1914).
Theo Nguyễn Trọng Báu (1984). Ivan Aleksandrovich Baudouin de Courtenay. In trong Ngôn ngữ học: Khuynh hướng • Lĩnh vực • Khái niệm (tập 1). Nxb KHXH, H., 1984, trang 164–167.